Prace dyplomowe

Prace dyplomowe zrealizowane w latach ubiegłych

2024

pod opieką prof. dr hab. Cezarego Czaplewskiego

Adam Kulesza (chemia, spec. digital chemistry, mgr) Application of support vector machine modeling for classification of potential peptide-based inhibitors targeting PD-1 protein based on molecular dynamics simulations results

2023

pod opieką prof. dr hab. Cezarego Czaplewskiego we współpracy z prof. S. Samsonovem

Marta Pągielska (III bioinformatyka, licencjat) Zastosowanie podejść chemii obliczeniowej i bioinformatyki do analizy układów zawierających glikozaminoglikany.

2022

projekty licencjackie wykonane pod opieką prof. dr hab. Cezarego Czaplewskiego

Piotr Zaprzalski (III bioinformatyka, licencjat) Zbieżność symulacji wymiany replik w pakiecie UNRES w zależności od synchronizacji obliczeń.

Rafał Grochowski (III bioinformatyka, licencjat) Nakładka graficzna (GUI) generująca pliki wejściowe dla programów z pakietu UNRES. Pobierz program unres_gui.zip

Jacek Bochentin (III bioinformatyka, licencjat) Wykorzystanie metod dokowania molekularnego w projektowaniu potencjalnego leku na przykładzie inhibitora proteazy 3CL koronowirusa SARS-COV-2.

Mateusz Zalewski (III bioinformatyka, licencjat) Porównanie dynamiki wybranych białek o strukturze β-kartki wokół struktury natywnej w symulacjach CABS-flex 2.0 i UNRES z wynikami analizy modów normalnych NOLB.

Filip Banaś (III bioinformatyka, licencjat) Porównanie dynamiki białek α+β wokół struktury natywnej w symulacjach CABS-flex 2.0 i UNRES z wynikami analizy modów normalnych NOLB.

Michał Toczek (III bioinformatyka, licencjat) Porównanie dynamiki wybranych białek alfa-helikalnych wokół struktury natywnej w symulacjach CABS-flex 2.0 i UNRES z wynikami analizy modów normalnych NOLB.

Wiktor Nisterenko (III bioinformatyka, licencjat) Porównanie dynamiki białek alfa/beta wokół struktury natywnej w symulacjach CABS-flex 2.0 i UNRES z wynikami analizy modów normalnych NOLB.

Projekty licencjackie zrealizowane przez Mateusza Zalewskiego, Filipa Banasia, Michała Toczka oraz Wiktora Nistorenko zainicjowały pracę nad publikacją "Assessment of Four Theoretical Approaches to Predict Protein Flexibility in the Crystal Phase and Solution" Ł. J. Dziadek, A. K. Sieradzan, C. Czaplewski, M. Zalewski, F. Banaś, M. Toczek, W. Nisterenko, S. Grudinin, A. Liwo, and A. Giełdoń, Journal of Chemical Theory and Computation (2024) DOI: 10.1021/acs.jctc.4c00754

2021

pod opieką prof. dr hab. Cezarego Czaplewskiego

Zuzanna Szubarczyk (III bioinformatyka, licencjat) Jakość modeli białek w zależności od długości symulacji w modelu UNRES z więzami.

2020

pod opieką prof. dr hab. Cezarego Czaplewskiego

Izabela Giecewicz (III bioinformatyka, licencjat) Wyznaczenie potencjału średniej siły dla oddziaływań nanocząstek w cieczy jonowej na podstawie symulacji dynamiki molekularnej.

Karolina Borkowska (III bioinformatyka, licencjat) Testy portalu UNRES-Dock do dokowania białek i peptydów.

2019

pod opieką dr hab. Artura Giełdonia:

Joanna Tomczak (III bioinformatyka, licencjat) Teoretyczne badania kompleksowania jonów miedzi Cu 2+ przez cystatynę C.

2018

pod opieką dr hab. Cezarego Czaplewskiego, prof. UG

Remigiusz Smardzewski (II MSU chemia, mgr) Rozszerzenie portalu unres-server.chem.ug.edu.pl o modelowanie startowych konformacji pętli nieokreślonych w eksperymentalnych strukturach białek.

Michalina Komorowska (III bioinformatyka, licencjat) Udokładnianie struktur białek z wykorzystaniem gruboziarnistego modelu UNRES.

2016

pod opieką dr hab. Cezarego Czaplewskiego, prof. UG

Monika Chodak (III bioinformatyka, licencjat) Symulacje dynamiki molekularnej z wymianą replik w gruboziarnistym polu siłowym UNRES dla wybranych białek.

Jacek Mońko (III bioinformatyka, licencjat) Program dodający wykluczenia do listy oddziaływań międzyatomowych w plikach z topologiami w pakiecie AMBER.

Remigiusz Smardzewski (III bioinformatyka, licencjat) Testy pakietu UNRES przeprowadzone na wybranych wersjach systemu linux.

Dominika Zawacka (III bioinformatyka, licencjat) Dokowanie wybranych peptydów do podjednostek ß5/ß6 proteasomu 20S.

2014

pod opieką dr Artura Giełdonia:

Lech Olczak (II MSU chemia, mgr) Wpływ warunków symulacji na przewidywanie właściwości fizyko-chemicznych dla wybranych cieczy jonowych.
Mateusz Pikora (informatyka, mgr) Wprowadzenie nowych oraz modyfikacja już istniejących funkcji programu RasMol, usprawniających analizę danych biomolekularnych.

pod opieką dr hab. Cezarego Czaplewskiego, prof. UG:

Andrei Niadzvedtski (III bioinformatyka, licencjat) Modelowanie zwijania turnicyny H w polu siłowym UNRES.
Andreas Doreng (III chemia, licencjat) Badanie gęstości cieczy jonowych za pomocą metod mechaniki molekularnej.
Bartosz Gryta (III chemia, licencjat) Obliczenia TD DFT dla stanów wzbudzonych pochodnych acetylenu.

2013

pod opieką dr hab. Cezarego Czaplewskiego, prof. UG:

Karol Badowski (III bioinformatyka, licencjat) Wykorzystanie kart graficznych (GPU) w symulacjach dynamiki molekularnej.