Doktoranci | Wydział Chemii

My, doktoranci...

Samanta Makurat

mgr Samanta Makurat

Tytuł pracy: Modyfikowane nukleozydy jako substraty kinaz nukleozydowych. Modelowanie aktywności enzymatycznej przy użyciu metod QM/MM

W swojej pracy magisterskiej wykonywanej w pracowni sensybilizatorów biologicznych badałam z wykorzystaniem metod DFT efekty przyłączenia elektronu do odpowiednich pochodnych uracylu jako potencjalnych radiosensybilizatorów. Jako doktorantka w tej samej pracowni współtworzę obliczeniową część zespołu, zajmując się większymi systemami, modelując m.in. układy QM/MM (ONIOM) zawierające krótki, dwuniciowy łańcuch DNA. W ramach swojej pracy doktorskiej planuję zająć się jednak modelowaniem reakcji enzymatycznych - przede wszystkim katalizowanej ludzką kinazą tymidynową fosforylacji odpowiednich natywnych nukleozydów oraz, w dalszej kolejności - ich pochodnych. W tym celu będę posługiwała się zarówno metodami dynamiki molekularnej, jak i QM/MM (ONIOM).

 


mgr inż. Barbara Michalska

Tytuł pracy: Zastosowanie reakcji PCR i powielania DNA w organizmach bakteryjnych do syntezy DNA znakowanego halogenopochodnymi zasad nukleinowych oraz badania foto- i radiouczulających właściwości tych pochodnych na wybranych liniach komórek nowotworowych

Zagadnienia dotyczące mojej pracy doktorskiej skupiają się wokół tematyki związanej z foto- i radiouczulającymi właściwościami halogenopochodnych zasad nukleinowych. Obecność tych związków jest jednym z czynników powodujących uszkodzenia DNA w trakcie ekspozycji na różnego rodzaju promieniowanie (m.in. UV oraz gamma). Jednym z głównych zadań mojej pracy jest znalezienie tej z halogenopochodnych zasad nukleinowych, która najbardziej zwiększy wrażliwość DNA na uszkodzenia. Docelowo związek ten będzie mógł być wykorzystany do unicestwiania komórek nowotworowych. 


kingamgr Kinga Westphal

Tytuł pracy: Wpływ sekwencji DNA modyfikowanego halogenowymi pochodnymi zasad nukleinowych na wydajność powstawania uszkodzeń indukowanych promieniowaniem UV

Obecnie w swojej pracy doktorskiej zajmuje się radio- i fotosensybilizacją DNA. Identyfikuję tożsamość produktów powstałych w wyniku ekspozycji wodnego roztworu DNA punktowo znakowanego modyfikowaną zasadą azotową na promieniowanie gamma lub UV. Ponadto określam wydajność powstawania poszczególnych uszkodzeń, a także poszukuję wyjaśnienia wpływu konkretnej kombinacji ułożenia zasad azotowych w najbliższym sąsiedztwie modyfikowanego nukleotydu na wydajność powstawania foto- czy radiouszkodzeń.  W swojej pracy laboratoryjnej wykorzystuję m.in. LC-MS, qPCR czy elektroforezę żelową. Dodatkowo zajmuję się opracowaniem protokołu metody syntezy enzymatycznej dwuniciowego DNA punktowo znakowanego wybranym sensybilizatorem. 


Pawelmgr inż Paweł Wityk

Tytuł pracy: Specyficzne odziaływania białko-DNA a sensybilizowane uszkodzenia fotochemiczne i radiacyjne w modyfikowanych oligonukleotydach. Modelowanie molekularne oraz badania fizykochemiczne elementów organizacji w komórkach w kontekście skojarzonej foto- i radioterapii nowotworów.

Zajmuje się zastosowaniem metod obliczeniowych jak i eksperymentalnych w celu kompleksowej analizy mechanizmów radio- oraz fotouszkodzeń natywnego/modyfikowanego DNA jak i jego kompleksów z białkami/peptydami. Do tego celu wykorzystuje: w części teoretycznej - takie podejścia jak dynamika molekularna, dynamika ab initio, czy metody hybrydowe (QM/MM), natomiast w części eksperymentalnej: metody kowalencyjneog sprzęgania biopolimerów (CLICK chemistry) oraz wiele technik analitycznych (HPLC, CD, nano-DSC, micro LC-MS oraz elektroforezę żelową).

 

mgr Magdalena Zdrowowicz

Tytuł pracy: Pochodne zasad nukleinowych jako substancje uwrażliwiające komórkowe DNA na promieniowanie elektromagnetyczne

Praca magisterska wykonana w Pracowni Sensybilizatorów Biologicznych dotyczyła eksperymentalnych badań nad foto- i radioczułością modelowego DNA znakowanego jedną z halogenopochodnych zasad nukleinowych, tj. bromouracylem. Obecnie, w ramach pracy doktorskiej zajmuję się syntezą i  badaniem innych modyfikowanych zasad nukleinowych (cyjaniano-, rodanopochodne), w kontekście foto- i radiosensybilizacji genomu komórek nowotworowych. Poza nauką interesuję się koszykówką.


 

Treść ostatnio zmodyfikowana przez: Lidia Chomicz
Treść wprowadzona przez: Lidia Chomicz
Ostatnia modyfikacja: 
wtorek, 22 sierpnia 2017 roku, 10:24