dr hab. Rafał Ślusarz
dr hab. Rafał Ślusarz :: Tematyka badawcza
dr hab. Rafał Ślusarz
Główny nurt moich naukowych zainteresowań skupia się obecnie wokół praktyki poprawnego odzwierciedlenia teorii molekularnych mechanizmów działania leków i substancji aktywnych wobec wybranych fragmentów bakteryjnej ściany komórkowej.
Wykorzystując narzędzia modelowania molekularnego, wspierane elementami mechaniki kwantowej, staram się odpowiedzieć na podstawowe pytania o to, dlaczego jakiś lek jest skuteczny w leczeniu infekcji daną bakterią i jak to się dzieje, że bakteria uodparnia się na ten właśnie lek.
We współpracy z zespołem badawczym prof. Janusza Madaja zajmuję się obecnie wankomycyną i jej oddziaływaniem z fragmentami ściany komórkowej gronkowca złocistego (Staphylococcus aureus). Konstuując właściwe modele, na drodze symulacji komputerowych (wykorzystując głównie dynamikę molekularną) odnajduję specyficzne oddziaływania jakie występują pomiędzy wankomycyną i fragmentami ściany komórkowej S. aureus, także takich zmutowanych bakterii - wobec których wankomycyna przestała być skuteczna. Kolejno, staram się budować takie zmodyfikowane "wersje" wankomycyny (jej analogi), które w symulacjach wykażą wystarczające powinowactwo do badanego reprezentanta ściany komórkowej S. aureus, aby można było spodziewać się, iż ten właśnie analog wankomycyny będzie skuteczny w leczeniu infekcji wywołanych bakterią zmutowaną.
Struktura wankomycyny
Informacja dla chętnych do współpracy w ramach wykonywania pracowni dyplomowej (na pierwszym stopniu studiów) lub pracy dyplomowej (na drugim stopniu):
The tools used for these simulations, their manuals, input and output files are written in english. Therefore, besides the (basic, very basic) familiarity of:
- theoretical chemistry
- numerical methods
- high-level interpreted programming language or shell scripting
a knowledge of english language is required.
Praca wykonywana podczas pracowni dyplomowej polega na prowadzeniu symulacji komputerowych konkretnych układów o znanej, lub oczekiwanej aktywności biologicznej.
Zapewniam wszystkie potrzebne narzędzia i instrukcje. Dostep do własnego komputera znacznie ułatwi pracę (uniezależni ją od dostepności terminali w Pracowni).
Przed podjęciem decyzji o przystapieniu do współpracy można oczywiście ze mną porozmawiać o możliwych tematach i trybie wykonywania pracy. Serdecznie zapraszam!