Tematyka prac magisterskich

Pracownia Chemii Kwantowej:

• Wpływ efektów relatywistycznych na energie wiązania nadmiarowego elektronu w anionach związanych dipolowo.

• Projektowanie i ocena przydatności nowych układów anionowych jako składników elektrolitów w akumulatorach litowo-jonowych i sodowo-jonowych

• Wpływ oddziaływań międzycząsteczkowych na stabilność wybranych związków organicznych wykazujących aktywność redoks, przeznaczonych do zastosowania w symetrycznych bateriach przepływowych.

• Projektowanie bezwęglowych analogów aminokwasów naturalnych.

• Przewidywanie właściwości fizykochemicznych boroazotowych analogów eterów koronowych.

• Wpływ podstawników na strukturę elektronową i właściwości wiązań donorowo-akceptorowych w kompleksach typu FLP (Frustrated Lewis Pairs).

• Projektowanie i badanie anionów i kationów jako potencjalnych składników elektrolitów do nowoczesnych systemów magazynowania energii.

Pracownia Modelowania Molekularnego:

• Gruboziarniste symulacje działania rotujących motorów molekularnych.

• Gruboziarniste i pełnoatomowe symulacje allosterii w białkach.

• Wyznaczanie poprzez symulacje dynamiki molekularnej potencjałów średniej siły do parametryzacji gruboziarnistego pola siłowego UNRES.

• Badanie zespołów statystycznych białek wewnętrznie nieuporządkowanych przy pomocy wspomaganych przez dane NMR, SAXS i sieciowania chemicznego symulacji dynamiki molekularnej w polu siłowym UNRES.

• Badanie oddziaływań receptor-ligand metodami dokowania molekularnego i dynamiki molekularnej

Pracownia Symulacji Polimerów:

• Zastosowanie programu AlphaFold do przewidywania struktur przestrzennych GPCR. (ang. Application of AlphaFold to predict the three-dimensional structures of GPCRs.)

• Badanie efektywności pochłaniania etanolu przez warstwy węgla aktywnego. Praca eksperymentalno-teoretyczna, programowanie czujników Arduino i badanie ich w laboratorium. (ang. Ethanol adsorption efficiency of activated carbon layers. An experimental and theoretical study involving Arduino sensor programming and laboratory testing).

• Porównanie wybranych programów do rekonstrukcji struktury pełnoatomowej białek na podstawie modeli gruboziarnistych. 
  (ang. A comparison of selected programs for all-atom protein structure reconstruction from coarse-grained models.)

• Dynamika wybranych białek wokół struktury natywnej w pełnoatomowych i gruboziarnistych symulacjach dynamiki molekularnej. (ang. Dynamics of selected proteins around the native structure in all-atom and coarse-grained molecular dynamics simulations.)