Studenci studiów niestacjonarnych II stopnia, bezpośrednio po zakończeniu rekrutacji, wybierają jednostkę organizacyjną (Katedrę, Zakład, Pracownię), w której będą wykonywać pracę magisterską i jednocześnie realizować blok przedmiotów z nią związanych (seminarium, pracownia specjalizacyjna, seminarium magisterskie i pracownia magisterska). Miejscem realizacji bloku przedmiotów dyplomowych będzie Wydział Biologii, Wydział Chemii lub Wydział Oceanografii i Geografii, w zależności od wyboru Katedry/Zakładu/Pracowni. Wybór jednostki organizacyjnej dokonywany jest na podstawie informacji nt. proponowanej tematyki naukowo-badawczej zamieszczonej na jej stronie domowej.

Blok przedmiotów dyplomowych składa się z następujących przedmiotów:

• w sem. 2: seminarium i pracownia specjalizacyjna
• w sem. 3: seminarium magisterskie i pracownia magisterska
• w sem. 4: seminarium magisterskie i pracownia magisterska

Pracownia specjalizacyjna i seminarium przygotowują studenta do wykonania pracy magisterskiej w wybranej przez siebie Katedrze/Zakładzie/Pracowni. Student wykonuje pracę magisterską w trakcie pracowni magisterskiej trwającej dwa semestry, pod indywidualną opieką opiekuna pracy. W trakcie przygotowywania pracy magisterskiej, student uczęszcza na seminarium magisterskie, którego celem jest wspieranie i monitorowanie realizacji pracy. Student przedstawia uzyskane wyniki w formie pisemnej pracy magisterskiej, która jest recenzowana przez pracownika innej Katedry/Zakładu/Pracowni.

Studia II stopnia kończą się egzaminem magisterskim.